Die karolingische Justinuskirche in Frankfurt-Höchst ist das älteste erhaltene Gebäude von Frankfurt am Main und eine der ältesten Kirchen in Deutschland.

Die dreischiffige Basilika stammt aus der Zeit um 830, der spätgotische Hochchor entstand ab 1441. Die Kirche steht am östlichen Ende der gut erhaltenen Höchster Altstadt. Vom Vorplatz (Justinuskirchplatz) aus wirkt sie eher unscheinbar. Ihre unverwechselbare Silhouette hoch über der Stadtmauer sieht man vom Süden her, zum Beispiel von der Uferpromenade am Main. Hinter der Kirche, direkt an der Stadtmauer gibt es einen großen Blumen- und Kräutergarten.

Die große Bedeutung der Justinuskirche gründet sich einerseits auf die Einmaligkeit der original erhaltenen karolingischen Säulenarkaden mit karolingischen Kapitellen Bauplastik (vor allen die karolingischen Kapitelle und das spätgotische Nordportal), andererseits darauf, dass sie eine der wenigen fast vollständig erhaltenen frühmittelalterlichen Kirchen ist − und seit rund 1150 Jahren ununterbrochen als katholische Kirche genutzt wird.

Die Kirche, der Garten hinter der Justinuskirche und dort seit Mai 2012 der Antoniterraum im Stadtturm sind regelmäßig und kostenlos zugänglich.

Seit 2010 ist in der Justinuskirche ein ottonisches Bronzekruzifix ausgestellt, das auf dem Friedhof der Antoniter in Rossdorf gefunden wurde.

Die Justinuskirche gehört zum Bistum Limburg.

Erzbischof Otgar von Mainz, Mainzer Erzbischof von 826 bis 847, begann den karolingischen Bau der Justinuskirche Höchst um 830 und stiftete die eigens aus Rom beschafften Reliquien des heiligen Bekenners Justinus.

Die karolingische Justinuskirche wurde 830 zu einer Zeit gebaut, als es im Bereich des späteren Höchst nur einige wenige fränkische Höfe gab. Erst 40 Jahre vorher, 790, war Höchst als "Hostat" erstmalig urkundlich erwähnt worden. Der Bauplatz, auf einem Felsen über der Mündung der Nidda in den Main und oberhalb der Furt durch den Main gelegen, war klug gewählt. Hier trafen sich uralte Wege, es gab reichlich Trinkwasser (unter anderem Liederbach, Quelle am Fuß der Justinuskirche), der Platz war gut zu befestigen und die für ihre Zeit mächtige Steinkirche war weithin zu sehen. Der Bau der Kirche sollte offensichtlich den Gebietsanspruch der Mainzer Erzbischöfe gegenüber dem gerade erst erstarkenden Frankfurt mit seinem Königshof klarstellen.

Schon um 850 war die Kirche fertiggestellt. Die dendrochronologische Datierung eines Balkens über dem Triumphbogen lautet: 850 ±acht Jahre. Rabanus Maurus, Mainzer Erzbischof von 847 bis 856, weihte die Kirche ein. Da er 856 starb, dürfte die Weihe zwischen 847 und 856 stattgefunden haben. Er war ein berühmter Kirchenlehrer und Schriftsteller seiner Zeit. Rabanus Maurus weihte nicht nur die Kirche, sondern verfasste auch die Altartituli, die Weiheinschriften der ersten Altäre, wodurch wir über die frühe Ausstattung der Kirche aus originaler Quelle recht gut unterrichtet sind.

Die Bauzeit fällt in die Regierungszeit Kaiser Ludwigs I. des Frommen und seines Sohnes, König Ludwigs II. des Deutschen.

Die Rechnung der Erzbischöfe von Mainz ging auf: Um die Justinuskirche mit ihren wertvollen Reliquien entstand in der Folgezeit das Dorf und später die Stadt Höchst (Stadterhebung 1355). Die Mainzer befestigten die Stadt und bauten sie zu einer wichtigen Zollstätte am Main aus.

1024 fand in Höchst eine Synode des Mainzer Erzbischofs Aribo und der zahlreichen Mainz unterstellten Bistümer statt. Es kamen die Bischöfe Burchard von Worms, Ulrich von Chur, Werner von Straßburg, Eberhard von Bamberg, Walter von Speyer, Wicher von Verden, Meginhard von Würzburg, Heimo von Konstanz, Godehard von Hildesheim, Heribert von Eichstätt, Brantho von Halberstadt, Hizzo von Prag, also fast alle Mainzer Suffraganbischöfe.

1090 ging die Kirche als Schenkung an die Benediktiner von St. Alban in Mainz über. Die Kirche wurde in Schriften des Stifts gezielt als einsturzgefährdet bezeichnet; St. Alban erhielt auf diese Weise als Dreingabe weitere Ländereien und Privilegien in Höchst. Renovierungsarbeiten an der angeblich baufälligen Kirche fanden jedoch nicht statt. [4] St. Justinus war seitdem Pfarr- und Klosterkirche.

Das Kloster verbrachte die Justinusreliquien 1298 nach St. Alban. Die Höchster Kirche wurde daraufhin der Hl. Margarethe als neuer Patronin geweiht, damit war und ist die Justinuskirche eigentlich eine Margaretenkirche. Die bis 1961 gefeierte Höchster Kirchweih hieß seit dem Mittelalter folgerichtig Margaretenkerb, daran änderte sich auch mit Einweihung der neuen Pfarrkirche St. Josef im Jahr 1909 nichts. Der vergessene Name Justinuskirche, in Höchst war der Ausdruck "die aal Kerch" üblich, wurde erst durch historische Forschungen im 18. und 19. Jahrhundert wieder in der Fachwelt und in der Öffentlichkeit bekannt. Dass die Margaretenkirche heute wieder nach ihrem ursprünglichen Namenspatron genannt wird, geht auf eine Initiative des Höchster Pfarrers Emil Siering (1841–1899) zurück.

1441 siedelten die Antoniter mit ihrem Kloster aus Roßdorf bei Hanau nach Höchst um. Die seit 1419 nur noch als Pfarrkirche genutzte Justinuskirche diente seitdem auch wieder als Klosterkirche. Die Antoniter gaben als Chorherren 1442 den Bau eines spätgotischen Chors und zahlreicher anderer Erweiterungen in Auftrag. Der ältere karolingische Bauteil der Justinuskirche diente als Pfarrkirche für die Gemeinde, während der durch einen Lettner abgeteilte Chor den Antonitern vorbehalten war. Das Antoniterkloster erlosch 1802 als das Letzte von ursprünglich 370 Antoniterklöstern in ganz Europa.

Nach der Einweihung der großen neuromanischen Josefskirche in der Hostatostraße übernahm diese 1909 die Funktion der katholischen Pfarrkirche der inzwischen stark gewachsenen Industriestadt Höchst. Sie gab die dem Hauptverursacher des Bevölkerungszuzugs von Katholiken, den Farbwerken Höchst, ihren später weltbekannten Namen Hoechst AG. Die Justinuskirche gehört seither Filialkirche zur katholischen Pfarrei St. Josef im Bezirk Frankfurt des Bistums Limburg. Seit 2009 wird sie von der Pfarrgemeinde von April bis Ende Oktober als "Sommerkirche" für Gottesdienste genutzt.

Seit Jahresbeginn 2018 ist die Justinuskirche die neue Pfarrkirche für die Großpfarrei St. Margareta mit den Gemeinden St. Michael (Sossenheim), St. Johannes Ap. (Unterliederbach), St. Josef (Höchst), St. Dionysius-St. Kilian (Sindlingen) und St. Bartholomäus (Zeilsheim). 

Außerdem ist die Justinuskirche − zusammen mit dem barocken Standesamt im Bolongaropalast Höchst − ein beliebter Ort für Hochzeiten. Wegen ihrer ausgezeichneten Konzertorgel und ihrer Akustik finden im Rahmen des „Höchster Orgelsommers” Konzerte mit internationalen Künstlern statt.